エスケープされた日本語が通るかどうか確認してみました。(Groovy-1.8RC2での結果です。)
JsonSluperやJsonBuilderではエスケープされたUnicode文字列が問題なく扱えていることが確認できました。
ただし、JsonOutput.toJson()にはエスケープを行う機能は無いようです。RFC上ではオプション扱いなので問題ないですが。
あと注意点として、JsonSlurperでパースしたJSONオブジェクトはHashMapに変換されるため、項目の並び順は保存されません。文字列化して比較するときなどはご注意を。