EJB3.0はEJB開発をシンプルにする
http://www.theserverside.com/articles/article.tss?l=SimplifyingEJB3
annotationを導入することで、作らなければならないファイルを減らすのが大きな変更点。現在でもXDocletを使えば同様のことができますが、annotationを使えばコンテナがインターフェースクラスやDDを自動生成してくれるので、開発者にとってはコンパイルやパッケージングの手間がいらなくなるのは大きなメリットだと思います。標準仕様になる、という点も重要ですね。
注意点としては、従来ベンダ依存のDDで設定していた項目をannotationで記述してしまうと、EJBのポータビリティが損なわれてしまうこと。(まぁ、現在でもDDだけでポータブルにするのは難しいですから、あんまり問題にならない気がしますけど。。。)
永続化モデルも改良されます。EntityBeanはPOJO(単なるJavaクラス)になり、extendsやimplementsに制限を受けなくなります。また、EJB-QLを普通のSQL並みに拡張することも提案されてるようですね。
あと、Dependency Injectionを利用してEJBのlookupが簡単にできるようになるみたいです。これは地味ですが非常に重要な点だと思います。(BEAのWorkshopフレームワークでは、"Javaコントロール"という技術を利用して解決していますが・・・)